由于對細菌和病毒很恐懼，所以市場上宣傳以除菌為主的凈水器很受消費者歡迎。但如果使用的水源是自來水的話，除菌則是選購凈水器最大的概念誤區(qū)。因為自來水已投加了足以殺滅所有細菌的氯氣，且末梢自來水的余氯含量不低于國家標準0.05mg/L，完全可以保證用戶水龍頭出水不含任何細菌。

相反，對市場上某些凈水器進行的檢測結果表明，使用幾天后，如果不進行反沖洗，本來合格的自來水流過凈水器后細菌總數(shù)將遠遠超過飲用水標準范圍。既使定時進行反沖洗，隨著使用時間的增加，細菌含量也會逐漸升高直至超標，并且，其去除有害物質(zhì)的能力也逐漸下降，當出水量超過凈水器的額定凈水量后，有害物質(zhì)還會釋放到水中。

美國聯(lián)邦環(huán)保署曾警告使用凈水器的消費者要將水煮沸后再飲用，其主要目的是殺滅由凈水器帶入水中的細菌。